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扩散模型+深度学习双剑合璧，生成式AI破解染色质构象

扩散模型+深度学习双剑合璧，生成式AI破解染色质构象
编辑丨&人体内的每一个细胞都包含相同的基因序列，但每个细胞只表达这些基因的一个方面。 这些细胞特异性基因表达模式确保脑细胞与皮肤细胞不同，部分由染色质的三维结构决定，遗传物质控制着每个基因的可及性。 高通量测序和成像技术的最新进展大大提高了如今研究单个细胞基因组组织的能力。
3/10/2025 12:57:00 PM
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90%成功响应率，整合约9000个样本，统合癌症蛋白质组学的LLM驱动平台

90%成功响应率，整合约9000个样本，统合癌症蛋白质组学的LLM驱动平台
编辑丨&功能蛋白质组学为癌症机制提供了关键见解，有助于发现新的生物标志物和治疗靶点。 为了充分利用他们整合的将近 500 份高质量抗体的精选组合，美国德克萨斯大学决定采用 LLM 驱动来使资源更高效。 他们推出了 DrBioRight 2.0，这是一个由最先进的大型语言模型提供支持的直观生物信息学平台。
3/10/2025 12:52:00 PM
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纳米世界的实时电影，科学家首次使用AI以毫秒级分辨率观察原子移动，登Science

纳米世界的实时电影，科学家首次使用AI以毫秒级分辨率观察原子移动，登Science
编辑 | 2049想象一下，如果我们能像观察夜空中闪烁的星星一样，清晰地观察到原子在材料表面的「舞动」，这将为理解材料功能打开一扇全新的大门。 然而，传统的电子显微镜技术面临着一个根本性挑战：要实现毫秒级时间分辨率的原子尺度成像，必须大幅降低电子束剂量，而这导致图像被噪声淹没，模糊了关键细节。 为了解决了这一技术瓶颈，亚利桑那州立大学（ASU）和纽约大学(NYU)的研究团队开发了一种基于无监督深度学习（Unsupervised Deep Learning）的去噪框架，实现了在温和电子束剂量下对气体环境中金属纳米颗粒表面进行毫秒级时间分辨率的原子尺度观察。
3/7/2025 4:19:00 PM
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Nature封面：探索真菌网络，用机器人进行高通量延时成像研究

Nature封面：探索真菌网络，用机器人进行高通量延时成像研究
编辑 | ScienceAI丛枝菌根（AM）共生关系是自然界中最为广泛的共生伙伴关系之一。 4.5 亿年来，菌根真菌构建了用于与植物根系交换养分资源的网络。 经过 4.5 亿年的自然选择，AM 网络的灵活性和响应性极强。
3/7/2025 1:16:00 PM
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11天实现18种广谱抗菌素设计，体外验证成功率94.4%，浙大侯廷军等用LLM方法从头设计AMP

11天实现18种广谱抗菌素设计，体外验证成功率94.4%，浙大侯廷军等用LLM方法从头设计AMP
编辑 | 萝卜皮大型语言模型 (LLM) 在化学和生物医学研究中取得了显著进展，可作为各种任务的多功能基础模型。 浙江大学侯廷军、谢昌谕以及南方医科大学姜志辉等课题组组成的联合团队提出了 AMP-Designer，这是一种基于 LLM 的方法，用于快速设计具有所需特性的抗菌肽 (AMP)。 在 11 天内，AMP-Designer 实现了 18 种具有广谱抗革兰氏阴性细菌活性的 AMP 的从头设计。
3/7/2025 1:11:00 PM
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Science子刊，AI与生物物理建模相结合，设计新型蛋白质

Science子刊，AI与生物物理建模相结合，设计新型蛋白质
编辑 | 萝卜皮机器学习 (ML) 正在改变计算蛋白质设计的世界，数据驱动方法在实验成功率方面超越了基于生物物理的方法。 然而，它们通常被报告为案例研究，缺乏整合和标准化，因此很难进行客观比较。 在最新的研究中，德国莱比锡大学（Leipzig University）的跨学科研究团队在 Rosetta 软件框架内建立了一个精简且多样化的工具箱，用于预测氨基酸概率的方法，以便对这些模型进行并排比较。
3/6/2025 4:42:00 PM
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Nature:如何借助AI高效完成学术论文同行评审

Nature:如何借助AI高效完成学术论文同行评审
编辑 | matrix许多研究人员都有这样的体验：接受审稿邀请往往意味着一整天的时间被占用。 他们花费数小时标注手稿，却发现自己需要更多时间来消化内容才能提供连贯的反馈。 因此，不少学者开始婉拒审稿邀请，以保护自己宝贵的时间和精力。
3/6/2025 1:36:00 PM
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为 AI 助力药物发现的方法

为 AI 助力药物发现的方法
编辑丨toileter在历史上，药物研发向来是吃力且效率低下。 德国汉堡生物技术公司 Evotec 的计算化学家 David Pardoe 说，在过去的一百年里，只发现了约 7000 种罕见病的大概 500 种治疗方法。 但从理论上讲，AI 可以解决当前的两个问题：耗时与高成本。
3/6/2025 1:27:00 PM
ScienceAI
多中心医学图像分析模型，VFMGL框架破解数据孤岛难题，93.4% Dice系数的卓越表现

多中心医学图像分析模型，VFMGL框架破解数据孤岛难题，93.4% Dice系数的卓越表现
编辑丨&在众多中下游任务中，收到广泛而多样的数据集训练的基础模型表现出的强大性能，在医疗领域表现却不甚得人心。 受到到数据量、异质性和隐私问题等问题的严重阻碍，基础模型得不到更进一步的发展。 桂林航空航天大学联合江门市中心医院等推出了 Vision Foundation Model General Lightweight（VFMGL）框架，以促进各种医疗任务的专家临床模型的去中心化构建。
3/5/2025 5:48:00 PM
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无缝集成知识图谱，开源Python框架BioChatter降低LLM生物医学使用门槛

无缝集成知识图谱，开源Python框架BioChatter降低LLM生物医学使用门槛
编辑丨coisini大型语言模型（LLMs）已经改变了人们的工作方式，从支持内容创作、编程到改进搜索引擎等。 然而，LLMs 在透明度、可重复性和定制化方面的不足仍然是一个挑战，限制了它们在生物医学研究中的广泛应用。 对生物医学研究人员来说，针对特定研究问题优化 LLMs 可能是一项艰巨的任务，因为这需要编程技能和机器学习专业知识。
3/5/2025 12:58:00 PM
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谷歌旗下带来细胞器动力学的「全息解码器」，启动亚像素级细胞器分析

谷歌旗下带来细胞器动力学的「全息解码器」，启动亚像素级细胞器分析
编辑丨&细胞器经历不断的形态变化和动态相互作用，这是细胞稳态、应激反应和疾病进展的基础。 尽管细胞器的形态与运动十分重要，但由于其复杂的结构，高速的运动模式与目前现有分析技术的局限性，量化细胞器形态仍具有挑战性。 美国旧金山 Calico Life Sciences 的团队推出了一个名为 Nellie 的模型，这是一种自动化且无偏倚的管道，用于分割、跟踪和提取不同细胞内结构的特征。
3/5/2025 12:57:00 PM
ScienceAI
ByteQC：通往大规模实用化量子化学计算的曙光

ByteQC：通往大规模实用化量子化学计算的曙光
编辑 | ScienceAI真实化学体系包含大量的微观粒子，其精确的严格计算需要指数高的复杂度，对这些体系的模拟一直是材料、制药和催化等领域的难点和前沿。 为了解决这一问题，近日字节跳动 ByteDance Research 团队开发并开源了 ByteQC ——基于 GPU 加速的大规模量子化学计算工具集。 该工具集使用强大的 GPU 算力，大幅度加速了常见的量子化学算法，同时结合领域内前沿的量子嵌入方法实现了量子化学「黄金标准」精度下的大规模量子化学体系的模拟。
3/5/2025 12:56:00 PM
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用于临床工作流程的新AI助手，微软推出Microsoft Dragon Copilot

用于临床工作流程的新AI助手，微软推出Microsoft Dragon Copilot
编辑 | 白菜叶在 HIMSS 2025 上，微软团队宣布推出了 Microsoft Dragon Copilot，这是一款全新的语音解决方案，可改变临床医生的工作方式。 自 2022 年以近 200 亿美元收购临床文档公司 Nuance 以来，微软稳步将该业务打造为一套临床辅助工具，其中包括使用语音识别软件记录患者信息的 Dragon Medical One，以及人工智能支持的临床助理 DAX Copilot，这是一款人工智能支持的临床助理和决策支持工具。 Dragon Copilot 在这些技术的基础上进一步简化了文档编制、显示信息并自动执行了整个护理环境中的任务。
3/4/2025 6:42:00 PM
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生物版DeepSeek的隐秘竞争，中国模型被视为更强对手，赛诺菲10亿美金押宝！

生物版DeepSeek的隐秘竞争，中国模型被视为更强对手，赛诺菲10亿美金押宝！
编辑 | ScienceAI上周，美国斯坦福大学、英伟达等机构联合发布的生物学AI模型Evo2引起广泛关注，被誉为「生物版Deepseek」。 正当全球科研人员为这一突破性成果热议时，该论文中的特殊标注揭开了中国AI的实力——来自中国公司百图生科xTrimo系列大模型，被Evo2的研究人员列为「参数规模更大但尚未开源的竞争对手」，揭示中国生物大模型的崛起。 实际上，百图生科公司一直被美国市场认定为生命科学基础大模型的先行者，自2020年起一直前瞻性地在该领域布局。
3/4/2025 6:22:00 PM
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上海交通大学医学院人工智能蛋白质设计课题组诚聘助理研究员、博士后、客座学生

上海交通大学医学院人工智能蛋白质设计课题组诚聘助理研究员、博士后、客座学生
课题组长简介张海仓，上海交通大学医学院研究员、实验室PI。 博士毕业于中国科学院计算技术研究所计算机专业，曾先后在字节跳动担任人工智能算法工程师、美国哥伦比亚大学担任博士后科学家、中国科学院计算技术研究所担任任副研究员。 研究方向聚焦人工智能算法及“AI  生命科学”交叉领域，尤其在AI 蛋白质设计 与 AI 药物设计方面有长期积累。
3/4/2025 1:04:00 PM
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耶鲁、剑桥等开发MindLLM，将脑成像直接转换为文本

耶鲁、剑桥等开发MindLLM，将脑成像直接转换为文本
编辑 | 萝卜皮将功能性磁共振成像 (fMRI) 信号解码为文本一直是神经科学界面临的一项重大挑战，它有望推动脑机接口的发展，并加深对大脑机制的了解。 然而，现有的方法往往存在预测性能不佳、任务种类有限以及跨受试者泛化能力较差等问题。 针对这一问题，耶鲁大学（Yale University）、达特茅斯学院（Dartmouth College）和剑桥大学（University of Cambridge）的研究人员提出了 MindLLM，一种专为主题无关且用途广泛的 fMRI 到文本解码而设计的模型。
3/4/2025 1:01:00 PM
ScienceAI
首个强化生成模型AbNovo实现多目标、多约束抗体从头设计，发表于ICLR 2025

首个强化生成模型AbNovo实现多目标、多约束抗体从头设计，发表于ICLR 2025
编辑 | ScienceAI近期，上海交通大学医学院张海仓课题组联合中原人工智能产业技术研究院与中国科学院计算技术研究所，提出了一项名为AbNovo 的抗体设计新方法。 该方法基于强化学习与深度扩散模型，能够在多目标、多约束条件下实现抗体从头设计。 该研究以「Multi-objective antibody design with constrained preference optimization」为题发表在国际机器学习顶会ICLR2025上。
3/4/2025 1:00:00 PM
ScienceAI
突破性进展！浙大scNiche框架精准识别细胞生态位，助力精准医疗

突破性进展！浙大scNiche框架精准识别细胞生态位，助力精准医疗
编辑 | 2049随着单细胞空间组学技术的快速发展，科研人员可以在单细胞分辨率水平上系统探索组织中细胞状态、功能和相互作用。 然而，如何从这些海量的空间组学数据中精确识别和表征细胞生态位（cell niche）仍是一个重大挑战。 近日，浙江大学药学院团队开发了一个名为 scNiche 的计算框架，可以从单细胞分辨率的空间组学数据中有效识别和表征细胞生态位。
3/3/2025 4:23:00 PM
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