检索了15460项研究,AI与机械流行病学建模相结合:机遇和挑战的范围界定回顾

编辑丨toileter将嵌入机械模型中的先前流行病学知识与 AI 的数据挖掘功能相结合,为流行病学建模提供了变革性的潜力。 虽然 AI 与传统机械方法的融合正在迅速发展,但工作仍然分散。 目前,需要更好地纳入现实的决策考虑,扩大对不同数据集的探索,以及进一步研究生物和社会行为机制。

图片

编辑丨toileter

将嵌入机械模型中的先前流行病学知识与 AI 的数据挖掘功能相结合,为流行病学建模提供了变革性的潜力。虽然 AI 与传统机械方法的融合正在迅速发展,但工作仍然分散。

目前,需要更好地纳入现实的决策考虑,扩大对不同数据集的探索,以及进一步研究生物和社会行为机制。解决这些差距将释放 AI 和机制建模的协同潜力,以增强对疾病动态的理解并支持更有效的公共卫生规划和响应。

来自耶鲁大学(Yale University)、约克大学(York University)的研究团队发布了论文「Integrating artificial intelligence with mechanistic epidemiological modeling: a scoping review of opportunities and challenges」,于 2025 年 1 月 10 日刊登在《Nature Communications》。

图片

论文地址:https://www.nature.com/articles/s41467-024-55461-x

研究选择和特征

团队的检索纳入了15,460 项研究。

图片

图示:PRISMA 流程图(图源:论文)

这些研究涵盖了不同传染病综合模型的各个应用领域。总体上涵盖了 26 种传染病,大多数集中于 COVID-19,其次为流感。

应用领域被分为六个部分,传染病预测、模型参数化和校准、疾病干预评估和优化、回顾性流行病分析、传播推断与疫情检测。

该团队确定了九个主要的方法框架。其中替代建模/综合训练的 AI 模型占最大比例,其次为 AI 增强的流行病学模型。

图片

图示:方法框架说明性实例。(图源:论文)

近半的研究采用 AI 来学习流行病学模型的未知成分,从而能够将时变成分和不同的数据集纳入疾病建模。其他常见的整合方法包括使用流行病学模型生成的数据训练人工智能技术。

现状讨论

大数据的快速扩展和计算能力的进步极大地拓宽了 AI 技术与机械流行病学建模的集成。在审查的 245 项研究中,近 90% 是在过去四年中发表的,面对不断发展的流行病学情况,集成模型成功地解决了机械模型带来的挑战。

这一成功是通过利用人工智能技术从不同的数据库中提取有价值的信息,有效地学习和转移数据中嵌入的知识,并在已建立的贝叶斯和优化框架中引入方法创新。

虽然大数据在增强这些模型方面具有巨大潜力,但社交媒体内容、搜索查询、医疗报告和卫星图像等非传统监控数据的集成仍然有限。

疾病的传播是一个复杂的流程,受流行病学、生物学和社会行为因素的共同影响。目前的模型主要关注流行病学,忽视了其他影响因素的复杂相互作用。

回顾与总结

人工智能技术和机械流行病学模型可以相互协同增强,利用人工智能方法的优势来学习复杂的投入产出关系,同时结合嵌入机械模型中的先前流行病学知识。

通过跨学科合作应对这些挑战,人类可以释放 AI 的全部潜力,丰富流行病学建模工具包,最终增强理解、预防、缓解和应对传染病爆发的能力。

相关资讯

登Science,MIT团队推出新蛋白质语言模型ProtGPS,预测蛋白在活细胞内的功能位置

编辑 | 萝卜皮蛋白质是维持细胞运转的主要动力,细胞中有成千上万种蛋白质,每种蛋白质都发挥着特殊的功能。 研究人员早就知道,蛋白质的结构决定了它的功能。 最近,科学家逐渐意识到,蛋白质的定位对其功能也至关重要。

耶鲁、剑桥等开发MindLLM,将脑成像直接转换为文本

编辑 | 萝卜皮将功能性磁共振成像 (fMRI) 信号解码为文本一直是神经科学界面临的一项重大挑战,它有望推动脑机接口的发展,并加深对大脑机制的了解。 然而,现有的方法往往存在预测性能不佳、任务种类有限以及跨受试者泛化能力较差等问题。 针对这一问题,耶鲁大学(Yale University)、达特茅斯学院(Dartmouth College)和剑桥大学(University of Cambridge)的研究人员提出了 MindLLM,一种专为主题无关且用途广泛的 fMRI 到文本解码而设计的模型。

ByteQC:通往大规模实用化量子化学计算的曙光

编辑 | ScienceAI真实化学体系包含大量的微观粒子,其精确的严格计算需要指数高的复杂度,对这些体系的模拟一直是材料、制药和催化等领域的难点和前沿。 为了解决这一问题,近日字节跳动 ByteDance Research 团队开发并开源了 ByteQC ——基于 GPU 加速的大规模量子化学计算工具集。 该工具集使用强大的 GPU 算力,大幅度加速了常见的量子化学算法,同时结合领域内前沿的量子嵌入方法实现了量子化学「黄金标准」精度下的大规模量子化学体系的模拟。