预训练语言模型

上海交大&中山大学团队使用ESMFold、预训练语言模型以及Graph Transformer，进行蛋白质结合位点预测

编辑 | 萝卜皮识别蛋白质的功能位点，例如蛋白质、肽或其他生物成分的结合位点，对于理解相关的生物过程和药物设计至关重要。然而，现有的基于序列的方法的预测准确性有限，因为它们只考虑序列相邻的上下文特征并且缺乏结构信息。上海交通大学和中山大学的研究人员提出了 DeepProSite，用于利用蛋白质结构和序列信息来识别蛋白质结合位点。DeepProSite 首先从 ESMFold 生成蛋白质结构，并从预训练的语言模型生成序列表示。然后，它使用 Graph Transformer 并将结合位点预测制定为图节点分类。在预测蛋