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从概念到应用,清华团队开发DeepTFBU工具包助力基因表达精准调控
编辑 | 萝卜皮增强子通过与转录因子 (TF) 相互作用,在各种生物过程中充当基因表达的关键调节器。 虽然转录因子结合位点 (TFBS) 被广泛认为是 TF 结合和增强子活性的关键决定因素,但其周围背景序列的重要作用仍有待定量表征。 清华大学的研究团队提出了转录因子结合单元(transcription factor binding unit,TFBU)概念,通过使用深度学习模型量化 TFBS 周围上下文序列的影响,模块化地建模增强子。
2/21/2025 4:01:00 PM
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预测精度媲美实验!哥大团队开发可解释细胞「基础」模型,揭示213种人类细胞调控语法
编辑 | 萝卜皮转录调控涉及调控序列和蛋白质之间的复杂相互作用,指导所有生物过程。 转录计算模型缺乏通用性,无法准确推断未知的细胞类型和条件。 哥伦比亚大学的研究人员介绍了 GET(general expression transformer),这是一种可解释的基础模型,旨在揭示 213 种人类胎儿和成人细胞类型的调控语法。
1/21/2025 7:13:00 PM
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