甲基化
湖畔实验室AI加速棉花品种改良：解析近3亿DNA甲基化数据，找到43个关键基因
棉花产量与纤维品质如何受到DNA甲基化调控？ 在AI的帮助下，中国棉花育种专家成功破译这一“密码本”，并从中找出有望改良棉花品种的关键基因位点。 近日，由浙江大学棉花精准育种团队、中国农科院生物技术所和湖畔实验室（阿里巴巴达摩院）智慧育种团队组成的联合科研团队，综合运用遗传学、生物大数据和AI技术，构建了涵盖207个品种的棉花全基因组DNA甲基化图谱，鉴定2.87亿个单甲基化多态性（SMP）位点，规模为目前所有作物之最。
基于Transformer的新方法，可从纳米孔测序中准确预测DNA甲基化
编辑 | 萝卜皮DNA 甲基化在各种生物过程中起着重要作用，包括细胞分化、衰老和癌症发展。哺乳动物中最重要的甲基化是5-甲基胞嘧啶，主要发生在 CpG 二核苷酸的背景下。全基因组亚硫酸盐测序等测序方法可以成功检测 5-甲基胞嘧啶 DNA 修饰。然而，它们存在读取长度短的严重缺陷，可能会引入扩增偏差。新加坡 A*STAR 的研究人员开发了一种深度学习算法 Rockfish，该算法通过使用纳米孔测序（Oxford Nanopore Sequencing，ONT）显著提高了读取级 5-甲基胞嘧啶检测能力。该研究以「Roc
AnchorDx通过基于深度学习的连续向量表示甲基化区域
编辑 | 萝卜皮基准医疗（AnchorDx）成立于 2015 年，是一家国际领先的采用甲基化高通量测序进行癌症早筛早诊产品开发的公司。创始人范建兵博士是基因检测领域的国际领军人物，拥有近 30 年从事人类基因组学、基因芯片（Microarrays）及高通量测序技术开发的经验。基准医疗是中国首家将 ctDNA 甲基化高通量测序技术用于肿瘤早诊的企业，并自主构建了全球最大的中国人群癌症早期甲基化数据库。自创立以来，基准医疗一直致力于自主开发真正具备临床价值的单癌种、多癌种乃至泛癌种早筛早诊产品，产品管线覆盖了包括肺癌、
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