相互作用

编辑 | 萝卜皮在药物研发中，确定小分子配体对蛋白质的分离亲和力和性能效力至关重要。目前的计算要领可以展望这些蛋白质-配体相互作用特性，但如果没有高分辨率的蛋白质布局，通常会失去准确性，并且无法展望性能效力。莫纳什大学（Monash University）和格里菲斯大学（Griffith University）的研讨人员开发了 PSICHIC（PhySIcoCHemICal graph neura…

编辑 | 萝卜皮一项新的人工智能应用将帮助研讨职员提高药物研发能力。该项目名为 TopoFormer，是由美国密歇根州立大学（Michigan State University）数学系 Guowei Wei 教授领导的跨学科团队开发的。TopoFormer 将份子的三维信息转化为典型的基于人工智能的药物相互作用模型可以利用的数据，扩展了这些模型猜测药物有效性的能力。「有了人工智能，你可以让药物研发…

编辑 | 萝卜皮在药物研发中，确定小分子配体对蛋白质的分离亲和力和功效效力至关重要。目前的计算要领可以展望这些蛋白质-配体相互作用特性，但如果没有高分辨率的蛋白质构造，通常会失去准确性，并且无法展望功效效力。莫纳什大学（Monash University）和格里菲斯大学（Griffith University）的钻研人员开发了 PSICHIC（PhySIcoCHemICal graph neura…

编辑 | X蛋白质就像是身体中的精密锁具，而药物份子则是钥匙，只有完美契合的钥匙才能解锁治疗之门。科学家们一直在寻找高效的格式来预测这些「钥匙」和「锁」之间的匹配度，即蛋白质-配体相互作用。然而，传统的数据驱动格式往往容易陷入「死记硬背」，记住配体和蛋白质训练数据，而不是真正进修它们之间的相互作用。近日，浙江大学和中国科学院研讨团队，提出了一种名为 EquiScore 的新型评分格式，利用异构图神…

google DeepMind 公司近日推出了 AlphaFold 3，通过猜测所有生命份子是如何相互作用的，加速探求新药和探索新的医治格式，医治癌症、帕金森氏症、疟疾、肺结核等疾病。IT之家从报道中获悉，AlphaFold 3 可能猜测人体每个细胞份子的复杂形状，以及如何相互连接，以及其中最小的变化如何影响可能导致疾病的生物功能。科学家和医学专家希望借助 AlphaFold 3，深入研究抗体和药…

编辑 | X尽管蛋白质结构展望取得了重大进展。但对于 80% 以上的蛋白质，迄今为止尚未发觉小份子配体。识别大多数蛋白质的小份子配体仍具有挑战性。现在，奥地利科学院份子医学研讨中心 CeMM 的研讨职员与辉瑞公司合作，开发了一种法子来展望数百种小份子与数千种人类蛋白质的结合活性。这项大规模研讨揭示了数以万计的配体-蛋白质相互作用，通过探索这些相互作用，从而可以开发化学工具和治疗法子。此外，在机械进…

编辑 | 萝卜皮对蛋白质相别离（PS）的理解的迅速发展带来了丰富的生物信息学工具来预计相别离蛋白质（PSP）。这些工具通常偏向于具有大量本质无序区域 (IDR) 的 PSP，因此经常低估没有 IDR 的潜在 PSP。并且，PS 不仅受 IDR 控制，还受布局化模块布局域以及不直接反映在氨基酸序列的其他相互作用影响。在最新的研讨中，同济大学和中国科学院的研讨团队开发了 PSPIre，一种机器学习预计…

革兰氏阴性必须相互作用组。（来源：eLife）编辑 | 紫罗细菌蛋白质组平均由约 4000-5000 个蛋白质组成，这意味着相互作用组可能多达 2000 万个相互作用。据估计，大肠杆菌中大约有 12,000 种物理相互作用。然而，并非全部这些相互作用都对细菌的生计至关重要。对生物体中蛋白质相互作用的研讨，是理解生物进程和中心代谢途径的基础。然而，我们对细菌相互作用组的懂得仍然有限。近日，西班牙巴塞…

编辑 | 萝卜皮新兴药物的药物相互作用 (DDI) 为治疗和缓解疾病提供了大概性，操纵计算步骤准确展望这些相互作用可以改善患者护理并有助于高效的药物开发。然而，许多现有的计算步骤需要大量已知的 DDI 信息，这对于新兴药物来说是稀缺的。清华大学、第四范式（4Paradigm）以及腾讯 Jarvis Lab 的研讨职员提出了 EmerGNN，这是一种图神经收集，可以操纵生物医学收集中的丰富信息来有效…

编辑 | 紫罗高效的从头设想是计算机辅助药物发现的巨大挑战。上个月，浙大侯廷军团队和碳硅智慧合作提出了一种鉴于蛋白口袋的三维（3D）份子生成模型——ResGen，ResGen 计算效率更高，比之前最好的技术快大约八倍。研讨成果发表在《Nature Machine Intelligence》上。近日，该团队又在《Nature Computational Science》发表了其最新研讨，提出用于鉴于…