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编辑 | 萝卜皮使用测序 (scATAC-seq) 技术对转座酶可及的染色质进行单细胞测定，可在单细胞分辨率下深入了解基因调控和表观遗传异质性，但由于数据的高维性和极度稀少性，scATAC-seq 的细胞诠释仍然具有挑战性。现有的细胞诠释办法大多集中在细胞峰矩阵上，而没有充分利用底层的基因组序列。在这里，中山大学与重庆大学的研究人员提出了一种办法 SANGO，通过在 scATAC 数据中的可及性峰…

编辑 | 红菜苔随着单细胞技术的发展，许多细胞特性可以被测量。此外，多组学分析技术可以同时联合测量单个细胞中的两个或多个特征。为了快速处理积累的各种数据，需要多模态数据集成的计算方法。树兰医院、中国科学院和北京师范大学的合作团队提出了 inClust ，一个用于多组学分析的深度生成框架。它建立在之前针对转录组数据所开发的 inClust 的基础上，并增加了两个专为多模式数据处理设计的掩码模块：编码…

编辑 | 萝卜皮细胞间相互作用（CCIs）在细胞分化、组织稳态和免疫反应等许多生物过程中发挥着关键作用。随着高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的快速发展，从不断增加的 scRNA-seq 数据中鉴别CCIs变得非常重要。然而，受算法限制，当前鉴于统计策略的计算法子忽略了高度稀疏性和异质性的 scRNA-seq 数据中包含的一些关键潜伏信息。哈尔滨工业大学和南方医科大学的研讨团队开发了…

编辑 | 萝卜皮细胞间相互作用（CCIs）在细胞分化、组织稳态和免疫反应等许多生物过程中发挥着关键作用。随着高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的快速发展，从不断增加的 scRNA-seq 数据中辨别CCIs变得非常重要。然而，受算法限制，当前鉴于统计策略的计算办法忽略了高度稀疏性和异质性的 scRNA-seq 数据中包含的一些关键潜伏信息。哈尔滨工业大学和南方医科大学的钻研团队开发了…

编辑 | 萝卜皮CITE-seq 是一种单细胞多组学技术，可同时测量单细胞中 RNA 和蛋白质的表白，已广泛应用于生物医学研讨，特别是免疫相关疾病和其他疾病，如流感和 COVID-19。尽管 CITE-seq 激增，但生成此类数据的成本仍然很高。尽管数据集成可以增加信息内容，但这带来了计算挑拨。首先，组合多个数据集容易产生需要解决的批处理效应。其次，很难组合多个 CITE-seq 数据集，因为不同…