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清华AIR等提出ESM-AA，首个从氨基酸到原子标准的卵白质说话模型
来自清华大学AIR、北京大学、南京大学的研究团队提出了 ESM-AA 模型。该模型在卵白质说话建模范围取得了重要进展，提供了一套整合多标准信息的统一建模方案。它是首个能同时处理氨基酸信息和原子信息的卵白质预训练说话模型。模型的出色机能展现了多标准统一建模在克服现有局限和解锁新能力方面的巨大潜力。作为基座模型，ESM-AA 获得了多位学者的关注与广泛讨论（截图见下方），被认为有潜力基于 ESM-AA…- 27
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模拟5亿年的退化信息，首个同时推理卵白质序列、构造和功效的生物学大模型
编辑 | 萝卜皮在三十亿年的做作退化历程中，现存卵白质的形态得以形成，经历了漫长的做作筛选过程。退化如同在地质时间尺度上进行的平行试验，通过随机突变和选择机制，依据卵白质的序列、构造与功效进行筛选。在这里，EvolutionaryScale 的钻研职员展示了在退化产生的标记上训练的言语模型可以充当退化模拟器，用于生成不同于已知卵白质序列的功效性卵白质。钻研职员提出了 ESM3，这是一种前沿的多模态…- 10
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比传统格式高30倍，中国科学院团队Transformer深度学习模型展望糖-卵白质作用位点
编辑 | 萝卜皮糖类是自然界中最丰富的有机物质，对生命至关重要。了解糖类如何在生理和病理过程中调节卵白质，可以为解决关键的生物学问题和开发新的治疗格式提供机遇。然而，糖类份子的多样性和复杂性，对实验鉴别糖-卵白质连系以及相互作用的位点提出了挑战。在这里，中国科学院团队开发了一种深度学习模型 DeepGlycanSite，它能够准确展望给定卵白质构造上的糖连系位点。DeepGlycanSite 将卵…- 4
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成功率超越RoseTTAFold系列，用序列信息直接预计卵白质-配体复合物构造
编辑 | 萝卜皮卵白质-配体连接是药物发现和开发中一种成熟的工具，用于缩小实验尝试的潜在治疗范围。然而，高质量的卵白质构造是必需的，而且卵白质通常被视为完全或部分刚性的。在这里，柏林自由大学（Freie Universität Berlin）的研究人员开发了一个人工智能系统，可以直接从序列信息预计卵白质-配体复合物的完全柔性全原子构造。虽然经典连接格式仍然更胜一筹，但这也取决于目标卵白质的晶体构造…- 13
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AI可以改写人类基因组吗？首次由AI从头设计的基因编写器成功编写人类细胞中DNA
编写 | 凯霞生成式 AI 可以对话、写诗、画图、做视频、作曲、写代码......那么，AI 可以改写人类基因组吗？现在，新的 AI 手艺正在为可编写 DNA 的微观生物机制绘制蓝图，这预示着未来科学家将以更高的精度和速度对抗疾病。近日，美国 AI 卵白质设计初创公司 Profluence 推出了 OpenCRISPRTM 计划，发布了世界上第一个开源的 AI 生成的基因编写器。Profluenc…- 6
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登Science，药物亲和力＜5纳摩尔，加州大学开发特异性药物连系卵白的从头计算要领
编辑 | 萝卜皮随着抗癌钻研的不断深入，科学家们一直在寻找新的要领来提高治疗效果并减少副作用。小份子连系卵白的从头计划技术是解决这一问题的关键。然而，高亲和力连系和可调特异性，通常需要在计算计划后进行复杂的筛选和优化，这为钻研造成了重大阻碍。加州大学旧金山分校的钻研职员开发了一种名为 COMBS 的从头卵白质计划计算要领，并计划了能与新兴抗癌药物紧密连系的卵白质。实行考证表明，所计划的卵白质与药物…- 5
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3倍灵敏度，搜刮百万卵白对只需几秒，复旦、山大、上海交大开发新的卵白质说话模型
编辑 | 萝卜皮同源卵白质搜刮是卵白质注释和分析最常用的格式之一。与布局搜刮相比，仅从序列中检测近程进化关系仍然具有挑战性。复旦大学、山东大学以及上海交通大学的钻研团队提出了 PLMSearch（Protein Language Model），一种仅以序列作为输出的同源卵白质搜刮格式，能够捕获隐藏在序列后面的近程同源信息。PLMSearch 可以像 MMseqs2 一样在几秒钟内搜刮数百万个查问宗…- 13
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里程碑时刻！David Baker 团队利用 AI 重新计划抗体
抗体（粉色）与流感病毒卵白（黄色）分离（艺术构思）。（来源：Juan Gaertner/Science Photo Library）编辑 | X改进的卵白质计划东西可以更轻松地解决具有挑战性的药物靶点，但 AI 抗体距离进入临床还有很长的路要走。华盛顿大学 David Baker 团队最新研讨又来了。Baker 团队对其去年公布的 AI 东西 RFdiffusion 进行了改进。首次应用生成式 A…- 2
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制药新工具、有望规避免疫反应，多伦多大学团队用AI框架重新计划参与基因治疗的关键卵白质
编辑 | 萝卜皮当下，卵白质计划深度生成模型的快速进展主要集中在具有大量数据的小卵白质上。这些模型在自然序列有限的大卵白上表现不佳，例如腺病毒和腺相关病毒的衣壳卵白，它们是基因治疗的常见递送载体。生成分解病毒载体血清型可以克服大多数基因治疗接受者表现出的强大的事后消失的免疫反应。多伦多大学的研讨人员提出了一种变异自动编码器（ProteinVAE），它可以生成分解病毒载体血清型，而无需事后消失的中和…- 5
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AI揭示微生物暗卵白：运用机械学习来发现微生物卵白质宇宙中的功效性「暗物质」
编辑 | 白菜叶宏基因组学项目揭示了地球生物圈中超过 80 亿个非冗余微生物卵白质序列。其中，11.7 亿种卵白质在超过 100,000 个可用参考基因组中没有可识别的同源物。了解这些微生物卵白质的功效是一项艰巨的任务。幸运的是，机械学习最近在复杂生物数据建模和预计方面取得了前所未有的准确性。这些进步的最前沿是鉴于机械学习的要领，可以自信地预计许多（但不是全部）氨基酸序列的原子级卵白质构造。最近的…- 6
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分子之心创始人许锦波：AI 卵白质安排最新进展
编辑 | 绿萝1 月 11 日，在机器之心 AI 科技年会上，分子之心创始人、美国芝加哥丰田计算技术研究所终身教授、清华大学智能产业研究院（AIR）卓越访问教授许锦波发表主题演讲《AI 卵白质安排最新进展》，在演讲中，他介绍了卵白质布局预计与卵白质安排，他表示 AI 卵白质布局预计只是一个开始，分享了分子之心开发的 AI 卵白优化和安排平台——MoleculeOS，以及在卵白质侧链、抗体抗原复合物…- 6
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纳米孔检测特定卵白质，使细胞能够与计算机通话
编辑 | 萝卜皮基因编码的告诉卵白一直是生物技术研讨的支柱，使科学家能够跟踪基因抒发、了解细胞内过程和调试工程基因回路。但依赖荧光和其他光学方法的传统告诉方案存在实际局限性，可能会给该领域的未来进展蒙上阴影。因此应用纳米孔检测特定卵白质，目前具有挑战性。为了应对这一挑战，华盛顿大学的研讨人员开发了一组超过 20 个纳米孔可寻址卵白质标签，它们被设计为告诉基因（NanoporeTERs，或 NTER…- 5
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