编辑 | 白菜叶
2023 年，「AI+生物大份子布局」领域仍然呈现出百花齐放的态势；卵白质布局猜测、卵白-卵白互作、卵白-核酸互作、RNA 布局等各个领域均得到了进一步拓展，也促进了 AI 在酶工程、制药、医疗、诊断等众多应用领域的探索与落地。
以下为 ScienceAI 2023 「AI+卵白&核酸&份子互作」专题年度回顾。
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华为团队开发组合贝叶斯优化框架，进行抗体计算机计划
Quantum-Si与Biovista合作，将卵白质测序技术与AI可视化分离起来，进一步解锁人类卵白质组以创造新药
一种新的生成深度进修算法，可猜测用于DNA编辑的「计划重组酶」
深度进修工具的「计算显微镜」猜测卵白质相互作用，以及新抗生素的潜在途径
基本细菌卵白质的深度突变扫描可以指导抗生素开发
份子之心创始人许锦波：AI 卵白质计划最新进展
AIGC再下一城！天壤用扩散模型生成全新的卵白质布局
人工智能有助于创造超紧密分离抗体
首次在实验室合成由 AI 猜测的卵白质，卵白质言语模型 ProGen
计算成本可忽略不计！通过模拟数据训练机器进修，直接生成卵白质构象集合
份子之心完成超亿元Pre-A轮融资，AI卵白领域ChatGPT驱动生物「智」造
科学家开发出鉴于人工智能的方式来猜测 RNA 修饰
卵白计划领域重要里程碑！David Baker团队利用深度进修从头计划酶
AION Labs 推出用于从头计划抗体的 AI 初创公司
Nat. Commun. | 层次图进修建模卵白质相互作用问题的天然布局
比现有方式快1000倍！华盛顿大学和微软团队使用图神经网络从单个卵白质布局中猜测隐藏Pocket的位置
研究人员开发了一种新的鉴于人工智能的抗菌肽「查找器」
同济团队开发用于 T 细胞受体-抗原分离识别的泛肽元进修
技术剖析 | 百图生科大模型体系“xTrimo”，能否创造生命科学领域的“ChatGPT时刻”？
Meta AI团队新成果！150亿参数Transformer模型对原子级卵白质布局进行进化尺度猜测
中科院北航联合团队用NN刻画氨基酸的局部布局微环境优化卵白质计划
用于抗体计划的深度生成卵白言语模型
详解百图生科 AIGP 平台：拥有对生命科学多维度的理解，提供多种卵白质生成能力
卵白质领域的 ChatGPT，首次使用对比进修正确猜测酶功能
DeepTarget：筑波大学提出从卵白序列生成份子的端到端方式
「自上而下」的强化进修计划卵白质布局，引领卵白质计划新纪元
用于正确猜测卵白质分离界面的节能、高效、无参数几何深度进修
安徽大学研究团队提出抗菌肽多目标优化方式
免疫原性增强128倍、11分钟找到最稳定序列，百度mRNA疫苗优化算法登上Nature
人工智能系统可以生成满足布局计划目标的新型卵白质
助力更高效的药物计划，浙大&阿里团队提出鉴于功能提示的知识图谱增强份子对比进修
生成式 AI 如何构建更好的抗体
全球首创 | 份子之心开源新AI算法，攻克卵白质侧链猜测与序列计划难题
MIT团队开发ConPLex：一种用于猜测药物-靶标分离的机器进修方式
安徽大学团队提出了一种鉴于多标签的深度进修方式来猜测 21 类治疗性多肽的功能
机器进修分离物理学，探索卵白质、大份子和材料等系统
分离亲和力提高了 28.7 倍，鉴于端到端贝叶斯言语模型的方式计划大型、多样化的高亲和力抗体库
鉴于深度进修的酶小份子底物猜测通用模型
通用且高效的AI，创造纳米粒子在何处、何种方式与卵白质分离
图生成扩散模型综述：算法与在份子和卵白质建模上应用
使用 AI 和超级计算机模拟由 4400 万个原子组成的卵白布局
AlphaFold2 可能是更锋利、更精确的「基因剪刀」，中科院团队通过创新卵白聚类方式开发新型碱基编辑工具
David Baker团队发布最新版RFdiffusion，能够计划更加真实的卵白质
Nature子刊，华大智造发布自博弈AI智能体，利用强化进修算法高效计划功能卵白
生成式AI加速抗病毒药物开发，提高药物创造潜力
猜测更正确，鉴于 Transformer 的深度进修工具，猜测动力学未表征酶的催化常数
Meta 解散卵白质折叠团队，转战商业人工智能
英矽智能AI计划药物新进展，利用生成AI模型和AlphaFold卵白布局创造新型SIK2抑制剂
腾讯AI Lab提出一个深度进修框架，整合AIR的序列和布局特征来正确猜测免疫反应
鉴于人工智能的图谱方式，阐明研究卵白质的新路径
助力创造药物靶点，华科大团队开发深度迁移进修方式，用于猜测跨膜卵白相互作用
AI卵白质计划的进一步延伸，Enzymit使用深度进修进行新酶计划
北大团队综述：AI 可助力针对天然无序卵白的合理药物计划
MIT研究人员将Transformer与图神经网络分离，用于计划全新卵白质
「潘多拉魔盒」打开了，借助AlphaFold，现在可探索整个卵白质家族，揭示卵白质进化秘密
速度快约8倍且成功率更高，浙大&碳硅智慧开发鉴于卵白口袋的3D份子生成模型ResGen
利用进化扩散进行卵白生成，微软开源新型卵白质生成AI框架EvoDiff
百图生科宋乐博士浅谈：AI for Science 的下一步，计算生物学的下一程
用 Transformer 评估卵白质分离界面，区分天然卵白复合物和不正确构象
贝勒医学院&南中医团队开发一种鉴于图论的方式，可增强卵白质组学中可能的亚型调控的检测
Science | 哈佛医学院团队应用AlphaFold-Multimer揭示一种名为 DONSON 的神秘卵白质功能
将专家知识与深度进修分离，清华团队开发DeepSEED进行高效启动子计划
以「钥匙和锁」方式计划份子，浙大&碳硅智慧开发3D份子生成新模型SurfGen
AlphaFold 被吹捧为药物创造的下一件大事，但它是吗？
哈工大与腾讯团队合作开发：一种专门针对卵白质组数据计划的深度进修反卷积方式
可猜测卵白质-配体分离亲和力，之江实验室&百度&港科大团队开发鉴于曲率的自适应图神经网络
鉴于Transformer和注意力的可解释核苷酸言语模型，用于pegRNA优化计划
更高正确性，覆盖卵白、核酸、复合物等更多份子，DeepMind发布AlphaFold新版本
仅根据卵白质序列便可猜测相互作用界面，一种鉴于Transformer的卵白猜测模型
多伦多大学团队使用AlphaFold获得对卵白质布局的新见解
Nature | 通过序列聚类和 AlphaFold2 猜测多种构象
港中大&之江实验室&华为&南医大提出逆向卵白质折叠计划模型 ProRefiner
华科大团队开发几何三角形感知卵白质言语模型，猜测卵白质-卵白质接触
改进份子表征进修，清华团队提出知识引导的图 Transformer 预训练框架
南开&山大&北理工团队开发trRosettaRNA：利用Transformer网络自动猜测RNA 3D布局
Nature | 通过功能优先、人工智能引导的生成模型 Chroma 重塑卵白质计划
稳健且正确，AlphaFold 分离两种 AI 方式，实现卵白质化学位移自动分配
将合成生物学与AI相分离，以无细胞方式寻找新抗生素
AI揭示微生物暗卵白：使用机器进修来创造微生物卵白质宇宙中的功能性「暗物质」
GPU上运行速度比现有模型快3-7倍，IU团队使用全卷积神经网络进行正确的从头肽测序
Protein BLAST会成为过去吗？AlphaFold等对卵白布局的搜索是否会取代对序列的搜索
分类性能提高 10%，港中大团队利用大型卵白质言语模型创造未知的信号肽
有史以来最高互作强度，华盛顿大学David Baker团队用AI工具产生具有非凡分离强度的卵白质
清华&第四范式&腾讯研究团队：图神经网络与生物医学网络实现新兴药物相互作用猜测